El tema principal de «Monkey Gone to Heaven» es el medio ambiente. La canción trata la destrucción de los océanos por parte del hombre y «la confusión respecto al lugar del mismo en el universo». Frank Black, el lider de la banda, diría: «Por un lado, es (el océano) un gran váter orgánico. Las cosas son enjuagadas y purificadas o descompuestas en su gran sitio, oscuro y misterioso. Es también un sitio muy mitológico donde hay jardines de pulpos, el Triángulo de las Bermudas, Atlantis, y sirenas».